با وجود مزایای فراوان، پایتون محدودیت‌هایی نیز دارد:

1. سرعت اجرا : در مقایسه با زبان‌هایی مانند C++ یا Java، پایتون سرعت اجرایی پایین‌تری دارد. البته ابزارهایی مانند Numba، Cython یا اجرای کدهای پایتون روی پردازنده‌های گرافیکی (GPU) تا حد زیادی این مشکل را رفع می‌کنند.

2. مدیریت حافظه : پایتون دارای مدیریت حافظه خودکار است؛ این ویژگی گرچه توسعه را ساده می‌کند، اما گاهی در پروژه‌های بسیار بزرگ می‌تواند چالش‌ ایجاد کند.

3. مناسب نبودن برای توسعه سیستم‌های سطح‌پایین : پایتون برای نوشتن سیستم‌عامل، درایورها یا نرم‌افزارهای فردی وابسته به سخت‌افزار انتخاب مناسبی نیست.